Los estudios de registro florístico han determinado que en la parte alta del parque (2,300 a 4,200 m.s.n.m), se encuentra 980 especies de las cuales 13 son nuevas para la ciencia. Se estima en todo el parque podrían encontrar cerca de 5,000 especies.

La mayor parte del parque esta conformado por los bosques de neblina, cuya especie característica hace que tenga gran diversidad de plantas. Los bosques de neblinas sirven como gigantescos captadores de agua, reguladores del clima y de las lluvias, permiten que en las partes bajas la población se beneficie de lo que el río produce.

Su flora incluye helechos, orquídeas, bromelias, caña, musgos y plantas propias de la Selva Alta. Se han identificado 261 géneros, 105 familias y 1 000 especies de flora, de las cuales 13 han sido identificadas como nuevas para la ciencia y 50 aún no han sido determinadas.